流传版本

金氏版本

光绪二十九年十月《江苏》本。1903年金松岑应东京的江苏留日学生办的《江苏》杂志之约，写了《孽海花》前六回，其中第一、第二回刊登于《江苏》第八期上，作者署联所，即金的笔名。

光绪三十年3月，金氏在《爱自由者撰译书广告中》中，将《孽海花》标以政治小说，并说明小说从中俄交涉开始，经帕米尔界约事件、俄国虚无党事件等，到俄国复据东三省为止。但金著《孽海花》并未成书出版。

光绪年版本

1904年8月，曾朴在上海创办小说林书社。他与金松岑商定《孽海花》新版共六十回目，前者还拟了一份《孽海花》人物名单，计一百一十名，分六个阶段计划全面反映晚清社会。随即曾朴对前六回进行了修改，并续写下去，经过三个月的努力完成二十回，分成两编，于光绪十一年即乙巳正月和八月由日本东京翔鸾社印刷、小说林社发行。

1907年《小说林》杂志创刊后，曾朴又续写了五回，连载于该刊第一期、第二期、第四期，以后中辍。1916年强作解人曾将二十一回至二十四回编为三编，并与佚名的《孽海花人名索隐表》、强作解人的《孽海花人物故事考证》八则及《续考》十一则合刊，由上海拥百书局排印，上海望云山房发行。

曾朴此时创作的二十五回，至今未见有合刊的单行本行世。阿英在《晚清文学丛钞·小说二卷》中仅收了一至九回、魏绍昌在《孽海花资料》中仅收了第一至六回及第二十五回，均非完全版本。

真美善本

1927年，曾朴由政坛重返文坛，在上海创办了真美善书店和《真美善》杂志。同年曾朴对《孽海花》前二十五回进行了修订，特别对其中的一至六回和二十五回作了较大的变动，如添进了龚自珍与太清西林春、龚孝琪与褚爱林、曹公坊与李霞芬、刘永福与花哥艳情故事等。

1928年1月，真美善书店出版了修订本第一、二编二十回。此书每编一册，每册各五卷十回，封面有自由女神像，中间竖写书名，题署东亚病夫著，第一编卷首有作者《修改后要说的几句话》一文作为代序，两编每回均有辰伯所作插图一至三幅不等。

曾朴修订、续写的二十一回至三十五回，先连载于《真美善》杂志上，由一卷一期至五卷六期，断断续续刊登了三年多。1935年1月真美善书店将二十一回至三十回作为第三编出版，同时又将一至三编十五卷三十回合为一册印行，这就是通行的三十回本初制本。

此后1941年上海真美善书店重刻本、1944年上海真美善书店三刻本、1940年成都孙次舟叙录本、1955年北京宝文堂本、1956年上海文化出版社本、1957年台北世界书局本，都是根据真美善初刊本三十回重印的。1959年中华书局上海编辑所印行了《孽海花》增订本，除真美善本三十回外，并附录了三十一回至三十五回及《孽海花人物索隐表》。中华书局1962年版，此为增订本，将1927年《真美善》杂志陆续发表的第31至35回作为附录；,1979年上海古籍出版社据此又重印了增订本三十五回。此外，还有《孽海花》人民文学出版社2006年版；《孽海花》南海出版社2002年版；《孽海花》上海古籍出版社2005年版。

续作

《孽海花》的续作有两种，一是陆士谔的《新孽海花》。此书衔接小说林本《孽海花》一至二十回，自二十一回背履历库丁蒙廷辱，通苞苴妃子受官笞起，至六十二回专制国终撄专制祸，自由神还放自由花止，回目完全袭用曾朴、金松岑所订的六十回回目，1912年9月由上海大声图书局出版，共四册，后因涉讼毁版。此书与原作殊不称。二是燕谷老人的《续孽海花》。张鸿系曾朴同乡挚友，受曾朴之托而作续书。此书衔接真美善本《孽海花》一至三十回，,由三十一回续写至六十回，仍以赛金花为线索，主要描绘了清末戊戌变法和庚于事变两大历史事件，文字生动，是一部较好的续作。此书于1943年由真美善书店出版，翌年再版过一次，1982年黑龙江人民出版社出版了新的校订本。