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单疏本

《尚书正义》和《五经正义》其他四部一样，最初是没有经书和汉魏旧注全文的，只是将需要疏解的部分列出。这种版本称之为单疏本。今存单疏本为南宋光宗年间刊本，《四部丛刊三编》已经影印。

注疏本

南宋绍熙年间，两浙东路茶盐司将单疏本的《正义》部分散入《尚书孔氏传》的相应位置，遂编成所谓注疏本，即正文、【伪】孔传、孔疏俱全的本子，因此本半叶八行，故又称八行注疏本。此南宋刊八行本今存两部，一部在日本，内容全，但有大量元代补版；一部存国内，补版极少但保存不全。

此后北方也有刻本：今存金刊本两种，均残损严重；蒙古刊十三行本一部，缺卷三至六，今在北京。

附释文注疏本

此后，福建建阳书坊在八行本基础上再在相应位置插入陆德明《经典释文·尚书音义》的相关内容，遂成附释文注疏本。

在南宋时，附释文注疏本在福建刊刻出版应该不止一次，但今存仅有宋宁宗年间魏县尉宅刊九行本，此本今在台北故宫博物院，缺卷17-20，以元刊十行本配补，已影印。

十行本问世之后，单疏本、八行注疏本均废而不行。

元大德年间，又依据附释文注疏本重新刊刻，这部元刻本一直到明嘉靖年间还在修补刷印，前代国内学者所说的宋十行本均为此元刻明修本，无一有宋版书叶。

明嘉靖年间，李元阳在福建又根据元明递修本重刻，改半叶十行为半叶九行，世称李元阳本或闽本、九行本。

明万历年间，北京国子监又据李元阳本重刻，世称：北监本。

明崇祯年间毛晋汲古阁据北监本重刻，世称汲古阁本。

清乾隆年间北京武英殿据北监本翻刻，世称武英殿本。

清嘉庆年间，阮元在江西用元刻明修十行本重刻，并附《校勘记》，世称阮本、江西本。