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《汉书-艺文志》著录《商君》二十九篇。《隋书》、《旧唐书》、《新唐书》、《宋史》或著录《商君书》，或著录《商子》，皆曰5卷。宋代郑樵《通志·艺文略》、晁公武《郡斋读书志》都说今亡三篇，陈振孙《直斋书录解题》则说今亡其一，可能是他们所见的版本不同，因而所记的缺佚篇数也不一样。而今，《商君书》共有26篇，其中两篇只有篇目而无内容，加上《群书治要》卷36引《商君书·六法》中一段，实际只有24篇半。《诸葛武侯集》中始有《商君书》之名，,又称《商子》，现有26篇，其中第16篇存目无文，第21篇有录无文，实存24篇。